対話不能の異生物・奇居子(ガウナ)に太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる 播種船・シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。
シドニアの最下層で育った少年・谷風長道(たにかぜ ながて)は、地上で初めて出 会った少女・星白閑(ほしじろ しずか)と急速に親密さを増してゆく。
衛人(モリト)操縦士訓練学校に入学した長道は、初めて体験した複雑な人間関係に 翻弄されつつも急速に成長してゆく。
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