《第二隻》高中教師水上悟在回家途中撿到３隻貓和天使少女澪。悟和以人類身份生活的澪一起上學，回家則是與小貓們嬉戲，每天過著如此的生活。然而就在這個時候，悟的學生，同時也是澪的好朋友的鈴宮細音，在她周遭頻繁地發生不可思議的事件（事故？），而且看來似乎是與她所飼養的狗有關……。
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